NTFS 檔案系統
Windows NTFS 可說是目前個人電腦最高階的檔案系統。它也支援長檔名，但是為了讓執行 MS-DOS 及 Win 3.1 的電腦，可以透過網路存取Windows NT 的檔案，Windows NTFS 也維護傳統的 8.3 檔案名稱。
Windows NTFS 的錯誤修正(Error Correction)的能力比 HPFS 更強大，使得Windows NTFS 可以在瞬間做錯誤修正。
假如你準備在已經規劃成 FAT 的硬碟上安裝 Windows NT，你必須要決定是否要轉換部份或全部的磁碟分割區至 Windows NTFS，還是要維持原有的 FAT系統。因為 Windows NTFS 利用 Windows NT 的內建安全特性，來控制使用者對目錄及檔案的存取。所以如果你選擇使用 FAT 檔案系統，表示你將放棄某些
Windows NTFS 檔案系統的優點，與部份的安全控制功能。你可以將 FAT 或HPFS 檔案系統轉換成 Windows NTFS 檔案系統，但是，除了使用備份回存的方法，目前還沒有工具可以將 Windows NTFS 系統轉換成其他的檔案系統。
Windows NTFS 有一種稱為個別存取控制(Discretionary Access Control)的功能，如果與 Windows NT 的安全系統相結合，系統管理者可以指定誰可以存取這個檔案或目錄，以及存取的權限。而當使用者建立一個檔案的時候，它可以通知 Windows NT，哪些使用者可以讀取該檔案，哪些使用者可以對這個檔案做修改。此外，管理人員也可以設定哪些使用者可以列出某目錄的內容，以及哪些人可以在某目錄加入檔案。即使使用者知道檔案的路徑名稱，你也可以使它無法存取該目錄或檔案。
格式化成 Windows NTFS 的磁碟在多重作業系統共用上，無法使用的原因是因為 Windows NTFS 檔案系統，只有 Windows NT 認識而已，這也是Windows NTFS 唯一的缺點。除非你計畫在一部電腦上執行一個以上的作業系統，否則筆者建議，在 Windows NT 作業系統下，選擇 Windows NTFS 是最佳的選擇。
FAT32有何特色？
在Windows 98作業系統中，有一種稱為FAT32(File Allocation Table，FAT即是「檔案配置表」的簡稱)的強化檔案系統，由於FAT32儲存檔案到硬碟上，效率比傳統的FAT16高，因為在FAT16的個人電腦上儲存檔案，所需要的最小空間是32K，而在Windows 98 FAT32，已經將儲存任何檔案所需要的最小空間降至4K，可以讓硬碟不因資料太小而浪費。
至於如何分辦你的電腦是使用FAT32或FAT16，可在「我的電腦」中按一下代表該硬碟的圖示，接著按一下滑鼠右鍵再點選「內容」，可在「一般」標籤的「檔案系統」旁看到此硬碟使用的檔案系統是FAT32或FAT16。
至於FAT32規劃的硬碟執行速度是否比FAT16快，雖然微軟強調以FAT32規劃的硬碟執行速度比FAT16快，但有些電腦專家卻不以為然。以微軟的說法，FAT32改善後的記憶體管理程式與磁碟重組快速啟動應用程式的功能，可大幅提升系統的效能。不過當電腦執行MS-DOS模式並對硬碟大量存取動作，或者以安全模式執行Windows 98作業系統程式時，FAT32磁碟的速度可能會變得相當慢，所以並不是任何時候FAT32硬碟執行速度都比 FAT16 快。